Sequenciamento rápido

Dentro de uma semana de um paciente no Hospital UNM testando positivo para COVID-19, o laboratório de Domman, que lida com a análise das sequências do genoma SARS-CoV-2, determinou que a amostra era a variante Omicron.

Domman e Dinwiddie notificaram imediatamente o Departamento de Saúde do Novo México (DOH). No dia seguinte, o DOH conseguiu divulgar um anúncio de serviço público de que a Omicron havia chegado ao estado e incentivou precauções extras.

“Foi uma reviravolta bem rápida”, disse Dinwiddie.

Dinwiddie, professor assistente do Departamento de Pediatria da UNM, disse que estudar e rastrear o SARS-CoV-2 e suas variantes também foi útil no monitoramento da eficácia das vacinas.

“Quando começamos a ver uma redução na proteção de indivíduos vacinados quando surge uma nova cepa de SARS-CoV-2, é uma indicação de que talvez sua imunidade esteja diminuindo”, disse Dinwiddie. “Isso pode ser usado pelo CDC e pelo FDA para ver se eles precisam aprovar outro reforço”.

Antes da pandemia, Dinwiddie, professor assistente do Departamento de Medicina Interna, estudou outros vírus respiratórios usando testes genômicos, e o foco de Domman era a vigilância genômica da cólera em escala global. Domman disse que suas áreas de especialização se encaixaram bem quando chegou a hora de mudar o foco para o vírus SARS-CoV-2 no início de 2020.

“Acho que temos conjuntos de habilidades realmente complementares”, disse Domman. “Acho que para nós dois, foi uma transição muito fácil aplicar nossos conjuntos de habilidades ao SARS-CoV-2, e é por isso que conseguimos girar tão rapidamente e fazer as coisas acontecerem”.

Os dois sequenciaram amostras positivas para SARS-CoV-2 do Hospital UNM e de hospitais do Novo México, bem como de uma grande empresa de testes de diagnóstico chamada TriCore Reference Laboratories.

“Isso realmente nos deu uma visão de como o vírus estava sendo trazido para o estado e de onde essas infecções vinham”, disse Dinwiddie. “Então, poderíamos rastrear os que chegaram e levaram à disseminação da comunidade.”

Embora os EUA tenham melhorado drasticamente no trabalho de detetive genômico nos últimos dois anos, há uma coisa que os atrasou: testes caseiros de COVID-19.

Claro, os benefícios dos testes em casa superam os negativos, mas essas amostras positivas não são alimentadas no sistema de vigilância.

“Isso tem efeitos dramáticos não apenas para nós, mas para a contagem de casos”, disse Domman. “Em termos de acesso a amostras e entendimento do que está circulando no estado e regional e nacionalmente, essa é definitivamente uma questão que temos que superar.”

Para combater esse problema, Domman disse que seus esforços, juntamente com o TriCore e o DOH, o objetivo do Novo México é sequenciar pelo menos 5% de todos os casos positivos em um determinado mês.

"Essa é uma linha de base muito boa", disse ele. “Nesse nível, geralmente pegaremos as variantes e subvariantes que circulam pelo estado”.