A cólera serve como um excelente modelo para a compreensão de muitos aspectos da epidemiologia das doenças diarreicas, devido à natureza explosiva dos surtos e às fezes características, com aspecto de água de arroz. Com base em nossas investigações sobre a transmissão, que têm um foco mais global, estamos agora nos concentrando em como podemos utilizar essas informações genômicas em escalas espaciais relevantes para intervenções de saúde pública, como domicílios ou distritos. Também estamos interessados ​​na utilidade do sequenciamento em tempo real para fornecer estimativas independentes de parâmetros epidemiológicos importantes, como o R0 _e estimativas do número total de casos. Com essas ferramentas, podemos fornecer melhores previsões sobre onde o próximo surto de cólera poderá ocorrer e podemos desenvolver intervenções racionais e baseadas em evidências para conter a cólera nas regiões afetadas.

A partir de março de 2020, meu laboratório se adaptou rapidamente para trabalhar no sequenciamento dos genomas do SARS-CoV-2, o vírus responsável pela atual pandemia de COVID-19. Juntamente com o laboratório de Darrell Dinwiddie (UNM), somos o líder de sequenciamento e genômica para o Novo México e Wyoming e fazemos parte do consórcio CDC-SPHERES. Trabalhamos em estreita colaboração com os Departamentos de Saúde do NM e WY, o Laboratório Nacional de Los Alamos, bem como instalações de teste regionais para obter amostras e fornecer análises relevantes para a análise de surtos e histórico de transmissão do vírus na região Mountain West. Nessa capacidade, sequenciamos quase 1,000 genomas virais de estados da região. Nosso objetivo é fornecer dados acionáveis ​​de volta aos nossos funcionários de saúde pública sobre como o SARS-CoV-2 está se espalhando dentro e entre as comunidades e estados.

Também temos um grande interesse em aplicar essas técnicas de epidemiologia genômica para entender como os genes de resistência aos antimicrobianos estão se movendo através das populações bacterianas e as pressões que estão impulsionando essa disseminação. O uso inadequado de antimicrobianos na medicina animal e humana contribui para o aumento da resistência em patógenos bacterianos importantes, como Salmonella sp. e Escherichia coli. Uma vez que a saúde dos humanos depende da saúde do meio ambiente e da saúde animal (ou seja, One Health), compreender como os genes AMR e os patógenos resistentes estão se movendo entre as populações animal-humano-ambiental é fundamental